Naci Ağbal 1968'de Bayburt'ta doğdu. İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi Kamu Yönetimi Bölümü'nden mezun olan Ağbal, İngiltere Exeter Üniversitesi İş İdaresi Genel İşletme Yönetimi (MBA) Programı'nda yüksek lisans eğitimini tamamladı.

Maliye Bakanlığında müfettiş, teftiş kurulu başkan yardımcılığı, Gelirler Genel Müdürlüğünde daire başkanlığı ve bakan danışmanlığı görevlerinde bulunan Ağbal, 2006-2009 yılları arasında Bütçe ve Mali Kontrol Genel Müdürlüğü, 2009-2015 yılları arasında ise Maliye Bakanlığı Müsteşarlığı yaptı.